Para que se abra donde te quedaste leyendo, creo que tienes que salir primero del archivo, no apagar el lector estando el archivo abierto, pero me parece que éso solo funciona con algunos formatos de libro (fb2, ...). Cuando quieres leer otra vez, vas a leídos recientemente y al abrir el archivo, lo hace donde se quedó. En los formatos que no permiten esto, puedes dejar un marcador en la página y cuando vuelves a abrir el libro, ir a la última página leída a través de los marcadores.
Lo de que no te abra los libros ya no sé.