He encontrado dos cositas que ayudan a una mejor conversión, son cambios en la configuración de Calibre. Por un lado, el tema de como me tomaba el nombre del libro y el autor del mismo, he cambiado esto: (?P<title>.+) - (?P<author>[^_]+) por esto: (?P<author>.+) - (?P<title>[^_]+) en el menú Añadir libros (donde dice expresión regular).
Y segundo, vieron cuando tienen un pdf que tiene imágenes de fondo, al convertirlo la imagen también queda y después para pasar las hojas tarda más en el lector, bueno, en el menú Opciones de entrada, Entrada PDF, marqué la opción "sin imágenes" y listo, el epub de salida no tiene imágenes.
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