Yo de ti utilizaria otro conversor. Yo en realidad utilizo tres programas
Atantis, Calibre y Sigil
El atlantis es como usar el word, le doy el formato y lo paso epub, como soy una tiquismisqui :emot019: y me gusta que la portada vaya aparte para ocupe casi todo la pantalla paso ese epub a otro epub con el calibre y le añado la portada, pero supongo que pudedes hacerlo tambien con el atlantis aunque sale más pequeña y después como no se crear el indice con el calibre lo hago con el sigil es rapidisimo y ademas puedes retocar el epub si ves algún fallo, cosa que no puedes hacer con otros programas.
emot022