Hay otra opción para crear fb2 y son las extensiones de open office.
No sé si habrás oído hablar del programa, pero no tiene nada que envidiarle al de windows y encima es gratis.
Lo único malo es que el indice por cap tendrías que hacerlo a mano, aunque no es complicado. Esto se haría utilizando un programa del tipo notepad++, también gratuito.
Pero si te crea las notas al pie de pagina, pone los metadatos... aunque no la portada.
Y otra opción es pasarte por una pagina que los tenga ya en ese formato.
En cuanto a los pdf's, tendrías que hacerlos adaptados a la pantalla de 6"...
Personalmente, no me gustan los pdf porque una vez hecho no me dan las mismas opciones de personalización que si proporcionan los fb2 (cambiar tamaño facilmente, tipo de letra, etc).